และในปี พ.ศ. 2446 ได้ก่อสร้างโบสถ์หลังปัจจุบันขึ้นให้มีขนาดใหญ่กว่าหลังเก่า เพื่อรองรับกับจำนวนคริสต์ศาสนิกชนที่เพิ่มมากขึ้น โดยมีลักษณะเป็นสถาปัตยกรรมตะวันตกแบบโกธิค ภายในตกแต่งด้วยกระจกสีที่เรียกว่า สเตนกลาส เป็นภาพนักบุญต่างๆ หลังจากนั้นได้มีการบูรณะซ่อมแซมมาโดยตลอด จนถึงปี พ.ศ.2528 ได้มีการจัดงานฉลองโบสถ์คาทอลิกจันทบุรีครบรอบ ๗๕ ปี
ต่อมาในวันเสาร์ที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2552 มีการจัดพิธียกยอดโดม ในพิธีนี้จะมีการยกยอดโดมทั้งสองข้างขึ้นติดตั้งบนอาคารอาสนวิหารฯ โดยมีคณะสงฆ์ ผู้ว่าราชการจังหวัด หัวหน้าส่วนราชการ นักบวช ชาย – หญิง สภาอภิบาลและสัตบุรุษมาร่วมพิธีเป็นจำนวนมาก ทำให้อาสนวิหารฯ จันทบุรีมีความสมบูรณ์เหมือนเดิมเมื่อ 100 ปีที่แล้ว และเพื่อเป็นการอนุรักษ์สถาปัตยกรรมแบบโกธิคอีกด้วย
และได้มีพิธีเสกแม่ประดับพลอย วันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2552 พระแม่พระประดับพลอยองค์นี้สร้างขึ้นจากสิ่งบริสุทธิ์ 2 ส่วน คือ
1.วัตถุบริสุทธิ์ ได้แก่ วัตุดิบที่นำมาสร้างขึ้นเป็นองค์แม่พระประกอบด้วย ทองคำบริสุทธิ์ เงินบริสุทธิ์ และพลอยบริสุทธิ์ นำมาประกอบเข้าด้วยกัน ทุกชิ้นส่วนมีความสำคัญ และอยู่ในตำแหน่งที่เหมาะสม
2.ใจบริสุทธิ์ ได้แก่ การมีส่วนร่วมของทุกคนในชุมชนบริจาควัตถุดิบที่จะสร้าง “แม่พระประดับพลอย” เพื่อเทิดพระเกียรติให้เหมาะสมกับแม่พระ ซึ่งเป็นผู้บริสุทธิ์และสง่างามให้ผู้พบเห็นได้เกิดความเลื่อมใสศรัทธา และเป็นอนุสรณ์แก่อนุชนรุ่นหลัง
ความเชื่อของคริสตชนชุมชนอาสนวิหารฯ จันทบุรี เริ่มจากการอพยพลี้ภัย พร้อมกับรูปปั้นแม่พระองค์หนึ่งมาทางเรือขึ้นฝั่งที่จังหวัดจันทบุรี เพื่อเป็นการย้อนอดีตเมื่อ 300 ปีที่แล้ว คณะสงฆ์สภาอภิบาล และสัตบุรุษได้ร่วมกันสร้างรูปปั้นแม่พระปฎิสนธินิรมล องค์อุปถัมภ์ของอาสนวิหารฯ และร่วมหันแห่เรือแม่พระทางน้ำ ออกจากวัดแหลมประดู่ เวลา 13.00 น. ของวันเสาร์ที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552 โดยสภาอภิบาลอาสนวิหารฯ จันทบุรี เป็นผู้รับผิดชอบนำเรือแม่พระมาจอดที่วัดท่าแฉลบ เนื่องจากสัตบุรุษได้นำเรือมาร่วมขบวนประมาณ 70 ลำ มีสัตบุรุษจากอาสนวิหารฯ จันทบุรี และวัดใกล้เคียงได้มาร่วมกันต้อนรับแม่พระเป็นจำนวนมาก จากนั้นขบวนเรือออกเดินทางจากท่าแฉลบแห่มาตามแม่น้ำจันทบุรี และอัญเชิญมาประดิษฐานบนอนุสาวรีย์แม่พระ ซึ่งตั้งอยู่บริเวณหน้าอาสนวิหารฯ ห่างจากรั้วออกไปทางแม่น้ำเป็นระยะทาง 2552 เซนติเมตร (ตรงกับปี พ.ศ. 2552 พอดี เป็นการสื่อถึงการเฉลิมฉลอง 100 ปีอาสนวิหารฯ) การจัดสร้างอนุสาวรีย์น้ำพุประดิษฐานแม่พระองค์อุปถัมภ์ เพื่อเป็นอนุสรณ์เนื่องในโอกาสสมโภชอาสนวิหารฯ ครบ 100 ปี และฉลอง 300 ปี ชุมชนคริสตชนอาสนวิหารฯ จันทบุรี นับได้ว่าโบสถ์คาทอลิกแห่งนี้เป็นโบสถ์ขนาดใหญ่ที่มีความเก่าแก่ และกล่าวกันว่ามีความงดงามมากที่สุดในประเทศไทย
ตารางเวลาพิธีมิสซาบูชาขอบพระคุณ
วันอาทิตย์ เวลาเช้า 06.15 น. เวลาสาย 08.30 น. เวลาค่ำ 19.00 น.
วันจันทร์ – วันเสาร์ เวลาเช้า 06.00 น. เวลาค่ำ 19.00 น.
บ้านพักผู้สูงอายุคามิลเลียน วันอาทิตย์ เวลา 09.00 น.
อารามคาร์แมล วันอาทิตย์เวลา 07.00 น.
อาสนวิหารพระนางมารีอาปฏิสนธินิรมล เปิดให้เข้าชมทุกวันเวลา 08.00 – 16.30 น. การเข้าชมหมู่คณะควรติดต่อล่วงหน้า
การเดินทาง สามารถเข้าทางเดียวกับวักไผ่ล้อม เมื่อถึงวัดไผ่ล้อมแล้วเดินทางต่อไปอีกราว 1 กิโลเมตร หรือจากตัวเมืองเดินทางข้ามสะพานวัดจันท์ไปตามถนนจันทนิมิต จะพบทางแยกขวาไปโบสถ์คาทอลิก
